神功修炼是提升将领实力的重要途径，但过程中常遇到资源分配失衡的问题。修炼需要消耗大量白银或黄金，同时还需兼顾时间成本，非付费玩家可能因资源短缺导致修炼进度缓慢。将领在修炼期间虽可参与战斗，但若未合理规划资源与兵力配比，容易陷入战力真空期，影响整体发展节奏。修炼效率与资源投入直接相关，过度侧重单一将领的修炼可能导致其他系统发展滞后。
修炼天赋的选择与兵种搭配不当是另一常见问题。不同兵种对天赋属性的需求差异较大，例如骑兵侧重攻击加成而步兵需要防御强化，若未根据将领特性匹配修炼方向，将造成属性浪费。修炼系统涉及兵种、科技、政策等多维度因素，部分玩家因缺乏全局观，盲目提升单项天赋而忽略协同效应，导致实战效果不理想。征兵天赋修炼中若未同步优化资源管理和时间安排，也会降低整体收益。
将领培养路径的决策失误会显著影响修炼成效。部分玩家过度追求高成长值名将，忽视普通将领的过渡培养，在获取名将前出现战力断层。修炼过程中将领等级提升带来的属性点分配也存在争议，统帅值增加带兵数量虽具普适性，但面对特殊战斗场景时，武力或智力的针对性强化可能更为关键。未及时调整加点策略将限制将领的战场适应性。
修炼与战场需求的脱节现象值得警惕。帝王三国中存在内气离体至破界等复杂修炼体系，武力系需经历内气凝炼、炼气成罡等阶段，精神系则侧重心劫突破。若未根据战场环境选择修炼路线，如对抗高防御部队时未强化穿透属性，或遭遇法术系敌军时忽视精神抗性修炼，都会削弱实战表现。修炼进度与副本难度不匹配时，易出现卡关现象。
修炼界面功能设置较为隐蔽，部分玩家难以快速定位修炼按钮，误操作可能导致资源误消耗。战斗与修炼的并行机制虽具灵活性，但若未正确理解修炼期间可参战的规则，可能错失关键战斗机会。设备兼容性问题偶尔会导致修炼界面显示异常，影响操作体验。
长期修炼规划不足将引发后续发展瓶颈。高阶修炼需要前置条件如特定装备或城池等级支撑，未提前布局会导致修炼中断。玩家群体中存速成倾向，可能促使过早挑战高难度修炼内容，反而延长成型周期。合理利用修炼系统的离线收益特性，结合每日任务等周期性活动，是维持稳定进展的重要策略。
