自然灾害如火灾、蟑螂入侵和强盗袭击是威胁避难所安全的主要因素。合理布局避难所空间是规避风险的首要策略，建议将生产区置于上层便于防御，训练区放在中层方便调配，住宅区设置在下层以减少火灾风险。仓库区应布局在最下层或与其他区域混合，确保物资安全且易于访问。特殊房间如医院和科学实验室需安排在干扰较小的位置。通过分区管理，既能提高资源利用率，也能在灾害发生时快速响应。
资源管理是应对自然灾害的核心环节。电力、食物和水是维持避难所运转的基础，需优先升级电力设施以确保其他设施正常运作。相同类型的房间应并排布局形成大房间，尤其是电力房间需均匀分布以保障供电稳定。水处理厂和餐厅等生产设施应集中管理，避免资源分散导致效率低下。确保每个生产房间配备满员居民，以应对突发灾害。资源循环利用系统如废水处理和食物残渣发电也能减少浪费，提升避难所的可持续性。
居民调配与属性培养直接关系到灾害应对效率。成年居民是抵御灾害的主力，需根据属性分配岗位，例如力量高的居民安排在电力房间或防御前线。训练区应针对不同属性开设专项训练，如力量室、感知室和耐力室，提升居民的综合能力。孕妇和儿童在灾害中无法参与应对，需提前将其疏散至安全区域。为所有居民配备4攻击以上的武器，并确保每个房间满员，可有效抵御蟑螂入侵等威胁。
动态监控与应急预案是长期安全的关键。避难所的需求和威胁会随游戏进展变化，需定期调整房间功能和居民分配。入口处应设置大型工厂和高属性居民作为第一道防线，配备陷阱和炮塔增强防御。灾害发生时，需快速调配居民至受灾房间，并随时关注血量及时治疗。建立紧急疏散路径和避难所，确保居民能迅速撤离危险区域。通过持续优化布局和资源分配，避难所的抗灾能力将显著提升。
设置电影院、健身房等娱乐设施可提升居民满意度，从而减少因情绪问题引发的操作失误。幸福度高的居民工作效率更高，更易于管理，能在灾害中发挥更大作用。定期巡检设备，修复故障，避免因设备老化引发连锁灾害。通过综合管理，玩家可构建一个稳固、高效的避难所，从容应对各类自然灾害。
